Восстание имело как религиозные, так и экономические причины. Оно произошло в областях, населённых преимущественно обращёнными в католичествояпонцами. При предыдущем даймёКониси Юкинага, который сам был христианином, в этих областях активно действовали иезуитскиемиссии. Начиная с конца XVI в.правящие власти периодически подвергали христиан Японии преследованиям. Особенно они усилились с 1614г. Помимо этого, даймё Мацукура проводил очень жёсткую экономическую политику, обложив крестьян непомерными налогами, а кроме того он имел обыкновение подвергать своих крестьян мучительным пыткам. Известны случаи, что он приказывал связывать их, одевая в соломенный дождевик, а затем поджигал солому.

После подавления восстания было обезглавлено более 37 000 восставших и сочувствовавших восстанию, включая женщин и детей. Голову Амакуса Сиро привезли в Нагасаки. Крепость Хара была сожжена и полностью разрушена. Сёгунат запретил исповедовать христианство в Японии. Во всём были обвинены «варвары-христиане», въезд в Японию иностранцам был запрещён, отношения с Португалией, а в 1640г. и с Голландиейбыли прерваны. Согласно политике сакоку, японцам было запрещено покидать страну под страхом смерти, а тем, кто находился за границей, было запрещено возвращаться в Японию. Контакты с Западом ещё сохранялись через голландскую торговую миссию Дэдзима, но находились под строжайшим контролем сёгуната. Япония стала абсолютно закрытой страной.